Το Μουσείο οργάνωσε, το 1ο Επιστημονικό Συνέδριο με θέμα «Παιδική Τέχνη-Σύγχρονη Τέχνη»
με αφορμή τον εορτασμό των 10 χρόνων λειτουργίας του.

Το Συνέδριο, υπό την αιγίδα του Υπουργείου Πολιτισμού, πραγματοποιήθηκε στις 14 & 15 Οκτωβρίου 2005, 
στο Νέο Κτίριο του Μουσείου Μπενάκη της οδού Πειραιώς, με εισηγήσεις Ακαδημαϊκών, διακεκριμένων Πανεπιστημιακών, εξειδικευμένων επιστημόνων, εικαστικών με εμπειρία στην εκπαίδευση και στελεχών του
Μουσείου Ελληνικής Παιδικής Τέχνης.

Το Συνέδριο στόχευε στην κατανόηση της σημασίας της γλώσσας του παιδικού σχεδίου, εξετάζοντας τους τρόπους με τους οποίους η αναγκαία φωνή της παιδικής έκφρασης συντελεί στην πορεία εξέλιξης του παιδιού προς ένα δημιουργικό άτομο.

Ο Διευθυντής του Museo Cantonale d’ Arte, στο Lugano της Ελβετίας, Marco Franciolli παρουσίασε την έκθεση “Les enfants terribles” που οργανώθηκε από το αντίστοιχο Μουσείο με αντικείμενο τη Γλώσσα της Παιδικής Ηλικίας στην Τέχνη, 1909-2004, η οποία ενέπνευσε κορυφαίους ζωγράφους όπως ο Picasso, Klee, Mirό, Kandinsky.