Οι Πανελλήνιοι Διαγωνισμοί απευθύνονται σε παιδιά 5 έως και14 ετών από Δημόσια και Ιδιωτικά Σχολεία, Καλλιτεχνικά Εργαστήρια, Παιδικές Βιβλιοθήκες και Μουσεία.

Με την ίδρυσή του το 1994, το Μουσείο ανέλαβε να συνεχίσει το θεσμό του Πανελλήνιου Διαγωνισμού Παιδικής Ζωγραφικής που είχε ξεκινήσει το 1987 το Μουσείο Μηλεών Πηλίου.

Ο Διαγωνισμός απευθύνεται σε παιδιά 5 έως και14 ετών από Δημόσια και Ιδιωτικά Σχολεία, Καλλιτεχνικά Εργαστήρια, Παιδικές Βιβλιοθήκες και Μουσεία.

Την επιλογή των έργων αναλαμβάνει 7μελής Κριτική Επιτροπή, η οποία απονέμει 100-120 ισάξια βραβεία και βραβεία σε ΑμεΑ, ενώ Δίπλωμα Συμμετοχής αποστέλλεται σε όλα τα παιδιά που συμμετείχαν.

Τα βραβευμένα έργα παρουσιάζονται στο φιλόξενο χώρο του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης που στηρίζει από το ξεκίνημά της τη δραστηριότητα αυτή, η οποία συνεχίζεται ετησίως έως και το 2002.

Επιλεγμένα έργα των Διαγωνισμών εμπλουτίζουν τις συλλογές του Μουσείου, το οποίο διατηρεί το δικαίωμα
να τα χρησιμοποιήσει για μελέτες, εκθέσεις, εκδόσεις και δημοσιεύσεις.

To 2010 και το 2011 το Μουσείο προκήρυξε Πανελλήνιο Μαθητικό Καλλιτεχνικό Διαγωνισμό σε συνεργασία με το Εκπαιδευτικό Πρόγραμμα Οίκαδε, της Τράπεζας Κύπρου.

• 1994. Π.Δ.Π.Ζ. Μητέρα και παιδί
  
• 1995. Π.Δ.Π.Ζ. Οι 12 μήνες
  
• 1996. Π.Δ.Π.Ζ. Το δέντρο πηγή ζωής
  
• 1997. Π.Δ.Π.Ζ. Πατέρας και παιδί
  
• 1998. Π.Δ.Π.Ζ. Η Αθήνα το 2004
  
• 1999. Π.Δ.Π.Ζ. Μία μέρα ένα ζώο
  
• 2000. Π.Δ.Π.Ζ. Ταξίδι μέσα στη γή
  
• 2001. Π.Δ.Π.Ζ. Αυτά τα λουλούδια είναι για σένα
  
• 2002. Π.Δ.Π.Ζ. Ένα άθλημα που αγαπώ
  
• 2011. Αν τα δέντρα μιλούσαν
  
• 2012. Η γειτονιά που θα ήθελα